A ocupação do território foi iniciada por David Pereira do Rosário, que recebeu as terras por doação de uma neta de Duarte Coelho. Ali fixou residência no sítio Lagoa Grande e lavradores iniciaram o cultivo das terras.

Por volta de 1760, o lugar onde hoje fica o município era ocupado por lavradores, que mandaram construir uma capela dedicada à Nossa Senhora da Glória. Em volta dessa capela, surgiu um pequeno povoado. Posteriormente, monges do Mosteiro de São Bento de Olinda vieram para a região, em 1775.

A vila foi criada a 6 de maio de 1837. Glória do Goitá tornou-se município autônomo, emancipado de Paudalho em 9 de julho de 1877.

A desmembração ocorreu pela Lei Provincial n. 1.297, sendo formado pelos distritos Sede e Apoti, e pelo povoado do Tapera.

A denominação do município tem origem na junção do nome da padroeira, Nossa Senhora da Glória, com o rio Goitá, topônimo que tem origem no termo tupi “gua-ita”, que significa “pedra da baixa”.